ГАОУ «Лицей Иннополис» функционирует c 2015 года. В лицее обучаются подростки с 7 по 11 класс в группах по 15 человек. При лицее организован интернат. Особенность лицея – конвергентный подход при изучении предметов. У каждого из лицеистов после обязательных уроков основной программы не менее двух дополнительных занятий в день. Обязательными среди них являются курсы по одному из направлений IT в зависимости от потребностей и интересов учащихся и по развитию коммуникативных компетенций. Для реализации профильного направления проводятся занятия по дополнительным главам математики и физики. Особенное внимание уделяется подготовке к олимпиадам и конкурсам, исследовательской деятельности и работе над проектами. Количество обучающихся более 150 человек.